|
|
課程簡介 Course Introduction
|
|
開課年度學期 Year / Term
|
113 學年度 第 2 學期
|
|
開課班級 Department
|
資訊工程學系 資工四、碩合選
|
|
授課方式 Instructional Method
|
課堂教學 、 中文
|
|
課程電腦代號 Course Reference Number
|
159061
|
|
課程名稱(中文) Course Title(Chinese)
|
生物資訊學
|
|
課程名稱(英文) Course Title(English)
|
Bioinformatics
|
|
學分數/時數 Credit Hours
|
3 /
3
|
|
必(選)修 Requirement / Elective Course
|
選修
|
|
授課老師 Instructor
|
陳榮銘
|
|
助教 Teaching Assistant
|
|
|
上課時間 Meeting Time
|
星期四，節次3、4、5
|
|
上課教室 Classroom
|
J108
|
|
Office Hours
|
|
| 獲獎及補助情形 Awards and Grants |
|
|
| 聯合國永續發展目標 (SDGs跨域類別) Sustainable Development Goals, SDGs |
|
SDGs 01.
|
終結貧窮：消除各地一切形式的貧窮
|
|
SDGs 04.
|
優質教育：確保有教無類、公平以及高品質的教育，及提倡終身學習
|
|
SDGs 08.
|
合適的工作及經濟成長：促進包容且永續的經濟成長，讓每個人都有一份好工作
|
|
|
課程目標 Learning Objectives
|
課程目標:
本課程採「專題導向式教學」，目標是介紹一些生物資訊領域的重要議題，課程重點將放在生物資訊領域的研究問題與常用解決方法的介紹，課程內容包含一些問題導向式的專題研究，使同學能學習一些實際的生物資訊研究專題。
同學們若修習本課程將學習到:
1.生物資訊領域的ㄧ般研究議題。
2.如何應用資訊科技協助解決生物醫學相關問題。
3.一些實際生物資訊相關研究專題。
4.研讀生物資訊相關研究論文(paper)的訓練。
|
|
先修 ( 前置 ) 課程 Prerequisite
|
資工系必修課程
|
| 彈性教學規劃 Flexible Teaching/Planning Schedules |
|
|
|
課程大綱 Course Syllabus
|
| 週次 Week |
課程單元大綱 Unit |
教學方式 Instructional Method/Style/Teaching Style |
參考資料或相關作業 References or Related Materials |
評量方式 Grading |
|
1
|
課程簡介
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
2
|
Unsupervised clustering of time-series gene expressions (1)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
3
|
Unsupervised clustering of time-series gene expressions (2)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
4
|
Unsupervised clustering of time-series gene expressions (3)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
5
|
Unsupervised clustering of time-series gene expressions (4)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
6
|
A CAD system for discriminating normal from cancerous areas in IHC liver cancer tissue images
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
7
|
Clustering analysis of time-series gene expressions based on gene ontology terms using SVM (1)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
8
|
Clustering analysis of time-series gene expressions based on gene ontology terms using SVM (2)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
9
|
Clustering analysis of time-series gene expressions based on gene ontology terms using SVM (3)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
10
|
Clustering analysis of time-series gene expressions based on gene ontology terms using SVM (4)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
11
|
Clustering analysis of time-series gene expressions based on gene ontology terms using SVM (5)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
12
|
A bootstrapping approach to cluster analysis for gene expression data with incorporation of gene functional similarity (1)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
13
|
A bootstrapping approach to cluster analysis for gene expression data with incorporation of gene functional similarity (2)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
14
|
Applications of MRDCA to clustering of RNA-seq data (1)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
15
|
Applications of MRDCA to clustering of RNA-seq data (2)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
16
|
Identifying the length of repeats in DNA sequences (1)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
|
|
17
|
Identifying the length of repeats in DNA sequences (2)
|
口頭授課並配合平板書寫投影
|
|
主題介紹告一段落，出題目給同學寫短報告
|
|
18
|
個人專題口頭報告
|
|
|
研讀一篇生物資訊英文期刊論文上台做口頭報告。
|
|
單一課程對應校能力指標程度 The Degree to Which Single Course Corresponds to School Competence
|
| 編號 No. |
校核心能力 School Core Competencies |
符合程度 Degree of conformity |
|
單一課程對應系能力指標程度 The Degree to Which Single Course Corresponds to Department Competence
|
| 編號 No. |
類別 Category |
系核心能力 Department Core Competencies |
符合程度 Degree of conformity |
|
01
|
系所
|
具備資訊工程領域之基本知識及程式設計能力
|
0
|
|
02
|
系所
|
擁有資訊軟體及硬體系統設計、實作、整合及管理的能力
|
0
|
|
03
|
系所
|
運用數學強化邏輯性思考，增進處理資訊工程問題的能力
|
0
|
|
04
|
系所
|
具有獨立思考並自行解決問題的能力
|
0
|
|
05
|
系所
|
自動發現問題並主動蒐集、分析資料，達成自我學習的能力
|
0
|
|
06
|
系所
|
維持良好人際互動、溝通與團隊合作的能力
|
0
|
|
07
|
系所
|
訓練足夠抵抗環境壓力與時間管理的能力
|
0
|
|
08
|
系所
|
資訊工程倫理及實務之歸納評比及實務能力與表達能力
|
0
|
|
09
|
系所
|
掌握資訊科技之國際變化趨勢
|
0
|
|
10
|
系所
|
明瞭國內外資訊產業與社會發展的能力
|
0
|
|
單一課程對應院能力指標程度 The Degree to Which Single Course Corresponds to College Competence
|
| 編號 No. |
院核心能力 College Core Competencies |
符合程度 Degree of conformity |
|
教科書或參考用書 Textbooks or Reference Books
|
|
館藏書名 Library Books
|
|
備註 Remarks
|
自編講義與論文(paper), 自編講義的相關參考文獻如下:
(1)Machine learning approaches to bioinformatics / Zheng Rong Yang / World Scientific, 2010.
(2)Introduction to bioinformatics / Arthur M. Lesk / Oxford University Press, 2005.
(3)國內外網站資料。
|
※請尊重智慧財產權，不得非法影印教科書※
※ Please respect intellectual property rights and do not illegally photocopy textbooks. ※
|
教學方法 Teaching Method
|
|
教學方法 Teaching Method
|
百分比 Percentage
|
|
講述
|
80 %
|
|
問題導向學習
|
20 %
|
| 總和 Total |
100 % |
|
成績評量方式 Grading
|
| 評量方式 Grading |
百分比 Percentage |
|
生物資訊專題研究短報告
|
40 %
|
|
期末專案口頭報告
|
20 %
|
|
第一次考試(Exam 1)
|
20 %
|
|
第二次考試(Exam 2)
|
20 %
|
| 總和 Total |
100 % |
|
成績評量方式補充說明
|
評量方式補充說明：
1、生物資訊專題研究短報告(40%)
本課程是屬於「專題導向式教學」，上課時會根據課程內容出題目給同學寫「短報告」，上課時同學要聽懂老師介紹的研究主題後，讓同學去發想：如果你做這個題目，你會如何做呢？
2、期末專案口頭報告(20%)
研讀老師指定的生物資訊英文期刊論文上台做口頭報告，時間預定於第16～17週。
3、第一次考試(20%)
考試時間是第9週，採筆試測驗。
3、第二次考試(20%)
考試時間是第18週，採筆試測驗。
注意事項：
1.因應教學現場需要，相關規定如有變更，以教師課堂上宣布為主。
2.因應實際教學時學生學習狀況，得適時調整教學進度與內容。
|
|
課程大綱補充資料 Supplementary Material of Course Syllabus
|
|
|
|